NetBeans 6.5에서는 기본적으로 Tomcat 6가 사용 가능 하도록 되어 있기 때문에 큰 문제는 없지만,

만약 Tomcat 6가 윈도우즈 서비스 버전으로 설치되어 있다면 startup.bat 등의 script 파일이 없다고 실행이 안됩니다.

Eclipse 3.4에서는 문제가 없는데 ;;;

그러므로 Tomcat 6를 윈도우즈 서비스 버전이 아닌 그냥 zip 파일 받아서 압축 푼 다음에 설정해주면 됩니다.

Tools -> Servers 선택하여 Tomcat 6 디렉토리 등을 설정해주면 OK